ראש הממשלה ונשיא המדינה לשעבר שמעון פרס, קיבל תואר ד"ר לפילוסופיה לשם כבוד מאוניברסיטת חיפה בשנת 1985, בהוקרה על תרומתו הייחודית לבניינה של מדינת ישראל לביצור חוסנה המדיני והחברתי.

בשנת 2010 היה פרס הראשון לקבל את אות המנהיגות של האוניברסיטה, בהוקרה על שירותו רב השנים את מדינת ישראל, בהוקרה על תרומתו לביטחון המדינה ומעמדה הבינלאומי ועוד.

במעמד קבלת אות המנהיגות הוא אמר, "משמעותה של מנהיגות היא לא לשלוט, אלא להתקומם נגד המוסכמות. לא לעמוד מעל מישהו, אלא לפני כולם. מנהיגות היא אינה שלטון כי אם חלוציות. זה נכון גם לגבי אנשי מדע. כדי להיות מדען גדול לא מספיק לזכור ולדעת. להיות מדען גדול זה עניין של אופי - למרוד במוסכמות".

לאורך שנות פעילותו הציבורית ביקר פרס באוניברסיטה בכנסים ואירועים רבים. ביקורו האחרון היה בשנת 2014, עת ביקר בבית הספר למדעי הים, שם שמע על חזונה של האוניברסיטה בחשיבות פיתוח חקר הים בישראל.